在《正当防卫2》剧情结束6年后，佣兵Rico回到了他的家乡，美迪西，一个虚构的地中海共和国。该国在Sebastiano Di Ravello将军的军事独裁下日渐败落。为了恢复同胞们的自由，Rico与自己的旧友Mario Frigo领导的革命军进行了联手，试图推翻Sebastiano Di Ravello将军的统治。[17]

在帮助马里奥的部队脱离了政府军发动围剿行动后，Rico又遇到了自己另一位老友，Dimah al-Masri。在她的帮助下,革命军夺回了美迪西前首都Manaea并摧毁了被看作是Ravello权力象征的Vis Electra发电厂。这导致大批政府军被派往波尔图海岸，攻占沿岸城镇来报复革命军。Dimah和她的团队随后告知Rico，Ravello正在开采Bavarium矿，该矿产价值连城，且仅在美迪西地区有矿藏。有了这笔财富，Ravello可以建造世界上最强大的军工厂。

在一次获取Dimah的扫描器任务中，Rico发现他的前上司兼战友，Tom Sheldon也在和革命军合作。但是Rico并不相信Sheldon是真心与革命军合作，其中的一個原因是Rico使用Bavarium掃描儀進行掃描，掃描儀卻突然故障，隨後Mario告知Rico要前去營救Zeno，一位试图叛逃的Bavarium研究员。隨後，革命軍發動了全島戰爭，革命軍勝利後，Dimah隨即得知Ravello將對革命軍的中心地區使用导弹攻擊，Dimah使用Zeno給的密碼以阻止導彈的發射，然而由於密碼錯誤而失敗。最后关头，Rico爬上了导弹，手动停止了导弹的轨道使其坠落大海。革命军保住了胜利的果实，Mario和Rico甚至从Ravello的庄园中偷走了他珍藏的葡萄酒。

几个月后，政府趁Mario和Dimah出海时派遣了一个小型舰队来杀死他们。营救成功後，Dimah要求Rico前往線人處要求支援，然而線人們卻都遭到了政府軍的襲擊，最終Rico找到了倖存的線人：一对南非走私者，Annika和Teo，他们也在和Ravello作战。隨後政府軍立刻派遣部隊前往殲滅，然而皆被Rico擊退，但Mario卻在战斗過程中身受重伤，Rico隨即帶著Mario前往革命軍的一個海灣基地休養。Annika提出可以帮Mario輸血，但代价是要让Rico去偷取Ravello的杀手锏——一种装配了Bavarium保护盾的坦克。除了偷取坦克，Rico也帮助了走私者们毁掉Ravello的Bavarium精炼厂和矿山，测试了实验性EMP设备来瓦解敌方武器。然而，反对派在战场上接连失利，让Rico觉得革命军内部有间谍。为了彻底消灭革命势力，Ravello对革命軍的海灣基地进行了一次全方位进攻。Rico联合革命军击退了政府军的进攻，使得Ravello政权对美迪西的控制仅剩下一个省。

Rosa Manuela是一位美迪西政治家，也是Ravello的老对手，在此时回到了美迪西来反抗Ravello政权。同时，Rico发现了Zeno就是间谍，於是把Zeno囚禁起來。在走私者的帮助下，Rico摧毁了一辆运载着Bavarium原矿的火车，并释放了被强迫替Ravello劳动的囚犯们。 与Sheldon和Dimah一起，Rico还组织了Ravello通过空运方式来销售Bavarium炸弹。 隨後Ravello下令政府軍對革命軍的補給站進行攻擊，但在Rico的防禦下失敗。不過Rico卻發現自己中了調虎離山之計，Zeno駕駛著直升機逃離，Rico追上了Zeno並摧毀了直升機，使Zeno葬生火海。

隨後革命军决定对Ravello的中央基地发动总进攻，一举消灭政府军。 Dimah打算以導彈摧毀中央基地，卻無法進行鎖定，於是Dimah決定手動摧毀，Rico試圖說服Dimah離開，但Dimah以清除有关 Bavarium矿的所有信息為由，強行讓Rico離開。隨後，Dimah手動發射導彈，將中央基地連同自己一同摧毀。

随着政府军的溃败，Ravello开着自己的直升机和Rico在一座活火山上短兵相见。在摧毁直升机后，玩家可以选择是否将Ravello射杀。 如果等待时间过长，Ravello将会跳进火山岩中自尽。 Rosa 随后担任了新美迪西共和国的总统。